Die Ems war schon in frühen Zeiten ein wichtiger Transportweg. So wurden bereits im 12. und 13. Jahrhundert auf Pünten mit geringem Tiefgang Sandsteine und Bauholz aus der Grafschaft Bentheim gen Norden transportiert.
Um das Ruhrgebiet mit dem Seehafen Emden zu verbinden, wurde Ende des 19. Jahrhunderts der erste deutsche Binnenschifffahrtskanal gebaut: der Dortmund-Ems-Kanal. Beim Bau des Kanals bediente man sich streckenweise des Flussbettes der Ems.